Le tri de lignées incomplet (incomplete lineage sorting, ILS), aussi traduit comme tri de lignage incomplet (en abréviation TLI), décrit un phénomène en génétique des populations où des allèles différents coexistent dans la population de l’espèce ancestrale, puis sont fixés de manière différentielle dans les populations des espèces qui en descendent.
L'arbre produit par un seul gène diffère de l'arbre au niveau de la population ou de l'espèce, produisant un arbre discordant. En conséquence, un arbre généré au niveau de l'espèce peut différer en fonction des gènes sélectionnés utilisés pour l'évaluation, contrairement au tri de lignées complet, où l'arbre produit par le gène est le même que l'arbre au niveau de la population ou de l'espèce. Ces deux types de résultats sont courants en analyse phylogénétique, bien que cela dépende du gène, de l'organisme et de la technique d'échantillonnage.
