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Liste d'espèces eubactériennes dont le génome est séquencé
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Liste d'espèces eubactériennes dont le génome est séquencé

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Cette liste d'espèces eubactériennes dont le génome est séquencé (qui peut ne pas être à jour) présente une liste d'espèces d'Eubacteria dont le génome a été séquencé. La plupart de ces séquences ont été publiées dans des bases de données biologiques de séquences, et se trouvent en général dans la base de données publique INSDB (pour International Nucleotide Sequence Database Collaboration, en anglais), laquelle peut-être consultée sur Internet. Les génomes ci-dessous annotés comme "non publiés" n'ont pas été publiés dans une publication scientifique à comité de lecture (mais sont généralement disponibles dans une base de données).

Chlorobacteria

Espèces eubactériens dont le génome est séquencé
Espèce Souche Type Nombre de paires de bases Nombre de gènes Référence
Dehalococcoides etheno 195 Chloroflexi Dehalococcoidetes 1,469,720 1,580
Dehalococcoides species CBDB1 Chloroflexi Dehalococcoidetes 1,395,502 1,458

Hadobacteria

Espèces eubactériens dont le génome est séquencé
Espèce Souche Type Nombre de paires de bases Nombre de gènes Référence
Deinococcus geothermalis DSM11300 Deinococcus-Thermus Deinococci 2,467,205 2,335 Non publié
Deinococcus radiodurans R1 Deinococcus-Thermus Deinococci 2,648,638 2,579
Non spécifié Non spécifié Deinococcus-Thermus Deinococci 412,348 357
Thermus thermophilus HB27 Deinococcus-Thermus Deinococci 1,894,877 1,982
Thermus thermophilus HB8 Deinococcus-Thermus Deinococci 1,849,742 1,973 Non publié

Cyanobacteria

Espèces eubactériens dont le génome est séquencé
Espèce Souche Type Nombre de paires de bases Nombre de gènes Référence
Anabaena nostoc PCC7120 Cyanobacteria Nostocales 6,413,771 5,368
Anabaena variabilis ATCC29413 Cyanobacteria Nostocales 6,365,727 5,039 Non publié
Cyanobacteria bacterium YellowstoneA Cyanobacteria Chroococcales 2,932,766 2,760
Cyanobacteria bacterium YellowstoneB Cyanobacteria Chroococcales 3,046,682 2,862
Gloeobacter violaceus PCC7421 Cyanobacteria Gloeobacteria 4,659,019 4,430
Prochlorococcus marinus MED4 Cyanobacteria Prochlorales 1,657,990 1,716
Prochlorococcus marinus MIT9312 Cyanobacteria Prochlorales 1,709,204 1,809 Non publié
Prochlorococcus marinus MIT9313 Cyanobacteria Prochlorales 2,410,873 2,273
Prochlorococcus marinus NATL2A Cyanobacteria Prochlorales 1,842,899 1,890 Non publié
Prochlorococcus marinus SS120 Cyanobacteria Prochlorales 1,751,080 1,882
Synechococcus elongatus PCC6301 Cyanobacteria Chroococcales 2,696,255 2,525 Non publié
Synechococcus elongatus PCC7942 Cyanobacteria Chroococcales 2,695,903 2,611 Non publié
Synechococcus sp WH8102 Cyanobacteria Chroococcales 2,434,428 2,526
Synechococcus species CC9605 Cyanobacteria Chroococcales 2,510,659 2,638 Non publié
Synechococcus species CC9902 Cyanobacteria Chroococcales 2,234,828 2,304 Non publié
Synechocystis species PCC6803 Cyanobacteria Chroococcales 3,573,470 3,167
Thermosynechococcus elongatus bp1 Cyanobacteria Chroococcales 2,593,857 2,475 Non publié

Gracilicutes

Spirochaetes

Espèces eubactériennes dont le génome est séquencé
Espèce Souche Type Nombre de paires de bases Nombre de gènes Référence
Borrelia burgdorferi B31 Spirochaetes 910,724 850
Borrelia garinii PBi Spirochaetes 904,246 832
Leptospira interrogans 56601 Spirochaetes 4,332,241 4,358
Non spécifié Non spécifié Spirochaetes 358,943 367
Leptospira interrogans FiocruzL1130 Spirochaetes 4,277,185 3,394
Non spécifié Non spécifié Spirochaetes 350,181 264
Treponema denticola ATCC35405 Spirochaetes 2,843,201 2,767
Treponema pallidum Nichols Spirochaetes 1,138,011 1,031

Sphingobacteria

Bacteroidetes

Espèces eubactériennes dont le génome est séquencé
Espèce Souche Type Nombre de paires de bases Nombre de gènes Référence
Bacteroides fragilis NCTC9343 Bacteroidetes/Chlorobi Bacteroidetes 5,205,140 4,260
Bacteroides fragilis YCH46 Bacteroidetes/Chlorobi Bacteroidetes 5,277,274 4,578 Non publié
Bacteroides thetaiotaomicron VPI5482 Bacteroidetes/Chlorobi Bacteroidetes 6,260,361 4,778
Chlorobium chlorochromatii CaD3 Bacteroidetes/Chlorobi Chlorobi 2,572,079 2,002 Non publié
Chlorobium tepidum TLS Bacteroidetes/Chlorobi Chlorobi 2,154,946 2,255 Cytophaga hutchinsonii ATCC33406 Bacteroidetes/Chlorobi Chlorobi 4,433,218 Non publié
Pelodictyon luteolum DSM273 Bacteroidetes/Chlorobi Chlorobi 2,364,842 2,083 Non publié
Porphyromonas gingivalis W83 Bacteroidetes/Chlorobi Bacteroidetes 2,343,476 1,909
Salinibacter ruber DSM13855 Bacteroidetes/Chlorobi Bacteroidetes 3,551,823 2,801

Exoflagellata

Planctomycetales

Espèces eubactériennes dont le génome est séquencé
Espèce Souche Type Nombre de paires de bases Nombre de gènes Référence
Rhodopirellula baltica strain1 Planctomycetes Planctomycetacia 7,145,576 7,325 Non publié

Chlamydiae

Espèces eubactériennes dont le génome est séquencé
Espèce Souche Type Nombre de paires de bases Nombre de gènes Référence
Chlamydia muridarum Nigg Chlamydiae/Verrucomicrobia Chlamydiae 1,072,950 904
Chlamydia trachomatis AHAR13 Chlamydiae/Verrucomicrobia Chlamydiae 1,044,459 911
Chlamydia trachomatis DUW Chlamydiae/Verrucomicrobia Chlamydiae 1,042,519 894
Chlamydophila abortus S26-3 Chlamydiae/Verrucomicrobia Chlamydiae 1,144,377 961
Chlamydophila caviae GPIC Chlamydiae/Verrucomicrobia Chlamydiae 1,173,390 998
Chlamydophila felis FeC56 Chlamydiae/Verrucomicrobia Chlamydiae 1,166,239 1,005 Non publié
Chlamydophila pneumoniae AR39 Chlamydiae/Verrucomicrobia Chlamydiae 1,229,853 1,110
Chlamydophila pneumoniae CWL029 Chlamydiae/Verrucomicrobia Chlamydiae 1,230,230 1,052
Chlamydophila pneumoniae J138 Chlamydiae/Verrucomicrobia Chlamydiae 1,226,565 1,069
Chlamydophila pneumoniae TW183 Chlamydiae/Verrucomicrobia Chlamydiae 1,225,935 1,113 Non publié
Parachlamy diaspecies UWE25 Chlamydiae/Verrucomicrobia Chlamydiae 2,414,465 2,031

Acidobacteria

Espèces eubactériennes dont le génome est séquencé
Espèce Souche Type Nombre de paires de bases Nombre de gènes Référence
Acidobacteria bacterium Ellin345 Acidobacteria 5,650,368 4,777 Non publié
Bifidobacterium longum NCC2705 Acidobacteria 2,256,640 1,727
Corynebacterium diphtheriae NCTC13129 Acidobacteria 2,488,635 2,320
Corynebacterium diphtheriae NCTC13129 Acidobacteria 2,488,635 2,320
Corynebacterium efficiens YS314 Acidobacteria 3,147,090 2,942
Corynebacterium glutamicum ATCC13032 Acidobacteria 3,309,401 3,099 Non publié
Non spécifié Non spécifié Acidobacteria 3,282,708 3,058
Corynebacterium jeikeium K411 Acidobacteria 2,462,499 2,104
Frankia species CcI3 Acidobacteria 5,433,628 4,499 Non publié
Leifsonia xyli CTCB07 Acidobacteria 2,584,158 2,030 Non publié
Mycobacterium avium k10 Acidobacteria 4,829,781 4,350
Mycobacterium bovis AF212297 Acidobacteria 4,345,492 3,953
Mycobacterium leprae TN Acidobacteria 3,268,203 2,720
Mycobacterium tuberculosis CDC1551 Acidobacteria 4,403,837 4,189 Non publié
Mycobacterium tuberculosis H37Rv Acidobacteria 4,411,532 3,999
Nocardia farcinica IFM10152 Acidobacteria 6,021,225 5,683
Propionibacterium acnes KPA171202 Acidobacteria 2,560,265 2,297 Non publié
Rubrobacter xylanophilus DSM9941 Acidobacteria 3,225,748 3,140 Non publié
Streptomyces avermitilis MA4680 Acidobacteria 9,025,608 7,577
Streptomyces coelicolor A3 Acidobacteria 8,667,507 7,825
Symbiobacterium thermophilum Strain Acidobacteria 3,566,135 3,337
Thermobifida fusca YX Acidobacteria 3,642,249 3,110 Non publié
Tropheryma whippelii TW0827 Acidobacteria 925,938 784 Non publié
Tropheryma whippelii Twist Acidobacteria 927,303 808

Aquificales

Espèces eubactériennes dont le génome est séquencé
Espèce Souche Type Nombre de paires de bases Nombre de gènes Référence
Aquifex aeolicus VF5 Aquificae Aquificae 1,551,335 1,522

Proteobacteria

Thermotogales

Espèces eubactériennes dont le génome est séquencé
Espèce Souche Type Nombre de paires de bases Nombre de gènes Référence
Thermotoga maritima MSB8 Thermotogae 1,860,725 1,846

Fusobacteriales

Espèces eubactériennes dont le génome est séquencé
Espèce Souche Type Nombre de paires de bases Nombre de gènes Référence
Fusobacterium nucleatum ATCC25586 Fusobacteria Fusobacteria 2,174,500 2,067

Posibacteria

Endobacteria

Mollicutes

Espèces eubactériennes dont le génome est séquencé
Espèce Souche Type Nombre de paires de bases Nombre de gènes Référence
Mesoplasma florum L1 Firmicutes Mollicutes 793,224 683 Non publié
Mycoplasma capricolum ATCC27343 Firmicutes Mollicutes 1,010,023 812 Non publié
Mycoplasma gallisepticum R Firmicutes Mollicutes 996,422 726
Mycoplasma genitalium G37 Firmicutes Mollicutes 580,076 476
Mycoplasma hyopneumoniae 232 Firmicutes Mollicutes 892,758 691
Mycoplasma hyopneumoniae 7448 Firmicutes Mollicutes 920,079 663
Mycoplasma hyopneumoniae J Firmicutes Mollicutes 897,405 665
Mycoplasma mobile 163K Firmicutes Mollicutes 777,079 635
Mycoplasma mycoides SC Firmicutes Mollicutes 1,211,703 1,016
Mycoplasma penetrans HF2 Firmicutes Mollicutes 1,358,633 1,037
Mycoplasma pneumoniae M129 Firmicutes Mollicutes 816,394 688
Mycoplasma pulmonis UAB Firmicutes Mollicutes 963,879 782
Mycoplasma synoviae 53 Firmicutes Mollicutes 799,476 672
Phytoplas maasteris AYWB Firmicutes Mollicutes 706,569 671 Non publié
Phytoplas maasteris OY Firmicutes Mollicutes 860,631 754
Ureaplasma urealyticum serovar3 Firmicutes Mollicutes 751,719 611

Clostridia

Espèces eubactériennes dont le génome est séquencé
Espèce Souche Type Nombre de paires de bases Nombre de gènes Référence
Carboxydothermus hydrogenoformans Z2901 Firmicutes Clostridia 2,401,520 2,620 Non publié
Clostridium acetobutylicum ATCC824 Firmicutes Clostridia 3,940,880 3,672
Clostridium difficile QCD-32g58 Firmicutes Clostridia 3,840,681 Non publié
Clostridium perfringens 13 Firmicutes Clostridia 3,031,430 2,660
Clostridium tetani E88 Firmicutes Clostridia 2,799,251 2,373
Desulfitobacterium hafniense Y51 Firmicutes Clostridia 5,727,534 5,060
Moorella thermoacetica ATCC39073 Firmicutes Clostridia 2,628,784 2,465 Non publié
Thermoanaerobacter tengcongensis MB4T Firmicutes Clostridia 2,689,445 2,588 Non publié

Bacilli

Espèces eubactériennes dont le génome est séquencé
Espèce Souche Type Nombre de paires de bases Nombre de gènes Référence
Bacillus anthracis Ames Firmicutes Bacilli 5,227,293 5,311
Bacillus anthracis Sterne Firmicutes Bacilli 5,228,663 5,287 Non publié
Bacillus cereus ATCC10987 Firmicutes Bacilli 5,224,283 5,603
Bacillus cereus ATCC14579 Firmicutes Bacilli 5,411,809 5,234
Bacillus cereus ZK Firmicutes Bacilli 5,300,915 5,134 Non publié
Bacillus clausii KSMK16 Firmicutes Bacilli 4,303,871 4,108
Bacillus halodurans C125 Firmicutes Bacilli 4,202,352 4,066
Bacillus licheniformis ATCC14580 Firmicutes Bacilli 4,222,334 4,152
Bacillus licheniformis Non spécifié Firmicutes Bacilli 4,222,645 4,196
Bacillus licheniformis DSM13 Firmicutes Bacilli 4,222,645 4,196
Bacillus subtilis 168 Firmicutes Bacilli 4,214,630 4,106
Bacillus thuringiensis 9727 Firmicutes Bacilli 5,237,682 5,117 Non publié
Enterococcus faecalis V583 Firmicutes Bacilli 3,218,031 3,113
Geobacillus kaustophilus HTA426 Firmicutes Bacilli 3,544,776 3,498
Lactobacillus acidophilus NCFM Firmicutes Bacilli 1,993,564 1,864
Lactobacillus delbrueckii bulgaricus Firmicutes Bacilli 1,864,998 2,096 Non publié
Lactobacillus johnsonii NCC533 Firmicutes Bacilli 1,992,676 1,821
Lactobacillus plantarum WCFS1 Firmicutes Bacilli 3,308,274 3,051
Lactobacillus sakei 23K Firmicutes Bacilli 1,884,661 1,885 Non publié
Lactobacillus sakei sakei23K Firmicutes Bacilli 1,884,661 1,885 Non publié
Lactobacillus salivarius UCC118 Firmicutes Bacilli 1,827,111 1,717 Non publié
Lactococcus lactis IL1403 Firmicutes Bacilli 2,365,589 2,266
Listeria innocua Clip11262 Firmicutes Bacilli 3,011,208 2,981
Listeria monocyto EGD Firmicutes Bacilli 2,944,528 2,855
Listeria monocyto 4b Firmicutes Bacilli 2,905,187 2,821
Oceanobacillus iheyensis HTE831 Firmicutes Bacilli 3,630,528 3,496
Staphylococcus aureus COL Firmicutes Bacilli 2,809,422 2,673
Staphylococcus aureus MRSA252 Firmicutes Bacilli 2,902,619 2,744
Staphylococcus aureus MSSA476 Firmicutes Bacilli 2,799,802 2,619
Staphylococcus aureus Mu50 Firmicutes Bacilli 2,878,529 2,699
Staphylococcus aureus MW2 Firmicutes Bacilli 2,820,462 2,632
Staphylococcus aureus N315 Firmicutes Bacilli 2,814,816 2,593
Staphylococcus aureus NCTC8325 Firmicutes Bacilli 2,821,361 2,892 Non publié
Staphylococcus aureus RF122 Firmicutes Bacilli 2,742,531 2,589 Non publié
Staphylococcus aureus USA300 Firmicutes Bacilli 2,872,769 2,560
Staphylococcus epidermidis ATCC12228 Firmicutes Bacilli 2,499,279 2,419 Non publié
Staphylococcus epidermidis RP62A Firmicutes Bacilli 2,616,530 2,494
Staphylococcus haemolyticus JCSC1435 Firmicutes Bacilli 2,685,015 2,678
Staphylococcus saprophyticus saprophyticus Firmicutes Bacilli 2,516,575 2,446
Streptococcus agalactiae A909 Firmicutes Bacilli 2,127,839 1,996
Streptococcus agalactiae NEM316 Firmicutes Bacilli 2,211,485 2,134
Streptococcus agalactiae V2603 Firmicutes Bacilli 2,160,267 2,124
Streptococcus mutans UAB159 Firmicutes Bacilli 2,030,921 1,960
Streptococcus pneumoniae R6 Firmicutes Bacilli 2,038,615 2,043
Streptococcus pneumoniae TIGR4 Firmicutes Bacilli 2,160,842 2,125
Streptococcus pyo M5Manfredo Firmicutes Bacilli 1,841,271 Non publié
Streptococcus pyo MGAS10270 Firmicutes Bacilli 1,928,252 1,987
Streptococcus pyo MGAS10394 Firmicutes Bacilli 1,899,877 1,886
Streptococcus pyo MGAS10750 Firmicutes Bacilli 1,937,111 1,979
Streptococcus pyo MGAS2096 Firmicutes Bacilli 1,860,355 1,898
Streptococcus pyo MGAS315 Firmicutes Bacilli 1,900,521 1,865
Streptococcus pyo MGAS5005 Firmicutes Bacilli 1,838,554 1,865
Streptococcus pyo MGAS6180 Firmicutes Bacilli 1,897,573 1,894
Streptococcus pyo MGAS8232 Firmicutes Bacilli 1,895,017 1,845
Streptococcus pyo MGAS9429 Firmicutes Bacilli 1,836,467 1,877
Streptococcus pyo SF370 Firmicutes Bacilli 1,852,441 1,696
Streptococcus pyo SSI1 Firmicutes Bacilli 1,894,275 1,861
Streptococcus thermophilus CNRZ1066 Firmicutes Bacilli 1,796,226 1,915
Streptococcus thermophilus LMG18311 Firmicutes Bacilli 1,796,846 1,889

Actinobacteria

Archaea

Eukaryota

(en) Cet article est partiellement ou en totalité issu de l’article de Wikipédia en anglais intitulé « List of sequenced bacterial genomes » (voir la liste des auteurs).

Annexes

Articles connexes

Liens externes

Bibliographie


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