Distance génétique (génétique des populations)

En taxonomie, la distance génétique est une mesure de la divergence génétique entre deux populations ou molécules.

Historiquement, cette mesure était uniquement déduite des différences de fréquence allélique, mais aujourd'hui d’autres informations sont aussi parfois utilisées.

Méthodes de calcul

Plusieurs méthodes de calcul de la distance génétique ont été proposées. Sont ici indiquées les plus courantes.

Tout le long de cet article, nous noterons ${\displaystyle X}$ et ${\displaystyle Y}$ les deux populations étudiées, et respectivement ${\displaystyle X_{u}}$ et ${\displaystyle Y_{u}}$ les fréquences pour le u-ème allèle du l-ième loci. On examine ${\displaystyle L}$ loci.

Distance génétique de Nei

Cette mesure a été proposée en 1972 par le biologiste nippo-américain Masatoshi Nei sous la forme suivante :

${\displaystyle {\begin{aligned}D=-\ln {\frac {\sum \limits _{l}\sum \limits _{u}X_{u}Y_{u}}{\sqrt {(\sum \limits _{l}\sum \limits _{u}X_{u}^{2})(\sum \limits _{l}\sum \limits _{u}Y_{u}^{2})}}}\end{aligned}}}$

${\displaystyle D}$ varie entre 0 et l’infini. Ce modèle suppose que les différences génétiques entre les deux populations sont dues à la dérive génétique et à des mutations.

Représentations graphiques

On souhaite souvent comparer plus de quatre populations ou molécules ce qui pose le problème d’une représentation efficace de ces données. La solution généralement adoptée consiste à ramener les données à une représentation en deux ou trois dimensions, à l’aide des méthodes développées en statistique multivariée, et notamment l’analyse en composantes principales.

Utilisation en phylogénie

Voir aussi

• Indice de fixation (${\displaystyle F_{ST}}$)

Références

• (en) Mark Jobling, Edward Hollox, Matthew Hurles, Toomas Kivisild et hris Tyler-Smith, Human Evolutionary Genetics : Second edition, New York and London, Garland Science, 2014, 690 p. (ISBN 978-0-8153-4148-2), « 6.3. MEASURING GENETIC DISTANCE », pp. 173-182

• Autres références

Notes

• Portail origine et évolution du vivant