| Extensions | .nex, .nxs, .nxz
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| Type MIME | application/octet-stream
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| Signature | 20 73 78 4E (hexa)
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| Développé par |
Istituto di Scienza e Tecnologie dell'Informazione (en), Conseil national de la recherche
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Le format de fichier extensible NEXUS est largement utilisé en bio-informatique. Ces fichiers stockent des informations concernant les taxons, les caractères morphologiques et moléculaires, les distances, les codes génétiques, les estimations, arbres, etc. Plusieurs programmes phylogénétiques populaires comme PAUP*, MrBayes, Mesquite, MacClade et SplitsTree utilisent ce format. Rajoutons aussi les analyses de délimitation par Poisson Tree Process (arbres produits selon des lois de Poisson).
Suivre ce lien pour un convertisseur de formats d'écriture de distances par paire de bases.
Syntaxe
Un fichier NEXUS est constitué d'un en-tête fixe #NEXUS suivi de multiples blocs. Chaque bloc commence par BEGIN block_name; et se finit par END;. Les mots-clés sont insensibles à la casse. Les commentaires sont mis entre crochets [...].
Il y a quelques noms de blocs prédéfinis pour les types de data les plus communs. Par exemple :
- TAXA block
- Le "TAXA block" contient des informations concernant les taxons.
- DATA block
- Le "DATA block" contient les matrices de data (ex: alignement de séquence).
- TREES block
- Le "TREES block" contient des arbres phylogénétiques décrits en utilisant le format Newick, e.g.
((A,B),C);:
Les exemples suivants utilisent les trois types de blocs ci-dessus :
#NEXUS
Begin TAXA;
Dimensions ntax=4;
TaxLabels SpaceDog SpaceCat SpaceOrc SpaceElf
End;
Begin data;
Dimensions nchar=15;
Format datatype=dna missing=? gap=- matchchar=.;
Matrix
[ Quand une position est un "matchchar", ça veut dire qu'elle est similaire que la première entrée à la même position. ]
SpaceDog atgctagctagctcg
SpaceCat ......??...-.a.
SpaceOrc ...t.......-.g. [ pareil que atgttagctag-tgg ]
SpaceElf ...t.......-.a.
;
End;
BEGIN TREES;
Tree tree1 = (((SpaceDog,SpaceCat),SpaceOrc,SpaceElf);
END;
Références
- (en) Cet article est partiellement ou en totalité issu de l’article de Wikipédia en anglais intitulé « Nexus file » (voir la liste des auteurs).
Liens externes
- (en) Cet article est partiellement ou en totalité issu de l’article de Wikipédia en anglais intitulé « Nexus file » (voir la liste des auteurs).
- NEXUS file format — explications détaillées avec exemples
- NEXUS format — une bonne description du format et son utilisation sur le terrain
- Nexus to phyloXML converter
- NeXML
- Nexus to Fasta converter
