AlphaFold est un logiciel d'intelligence artificielle développé par DeepMind, appartenant à Alphabet (société mère de Google), qui cherche à prédire la structure des protéines à partir de leur séquence en acides aminés. Le programme est conçu comme un système d'apprentissage profond.
Évolution
La première version du logiciel AlphaFold a permis à une équipe de chercheurs de se classer première au classement général de la 13e évaluation critique des techniques de prédiction de la structure des protéines (CASP (en)) en décembre 2018. Le programme a particulièrement bien réussi à prédire la structure la plus précise de cibles classées comme les plus difficiles par les organisateurs du concours, pour lesquelles aucune structure modèle existante n'était disponible.
Une équipe qui a utilisé AlphaFold 2 (2020) a gagné une seconde fois le concours du CASP en novembre 2020, atteignant un niveau de précision inégalé. Ces résultats ont été décrits comme révolutionnaires, même si certains chercheurs ont noté que la précision n'est pas assez élevée pour un tiers de ses prédictions, et que le calcul ne révèle pas le mécanisme ou les règles du repliement des protéines, de sorte que ce problème ne peut pas être considéré comme étant résolu. AlphaFold 2 a été décrit dans un article publié dans Nature le 15 juillet 2021. Le logiciel est libre, de même qu'une base de données regroupant les structures de la plupart des protéines de plusieurs espèces, dont 20 000 protéines humaines.
Un groupe de recherche d'Harvard a mis en ligne un "notebook", un outil permettant de tester AlphaFold 2 sans installation sur son ordinateur.
En septembre 2022, grâce aux résultats d’AlphaFold, il est annoncé que Demis Hassabis, directeur général de DeepMind, et John Jumper (en) reçoivent le prix des avancées capitales dans les sciences de la vie « pour avoir développé une méthode d'apprentissage (pour intelligence artificielle) en profondeur qui prédit rapidement et avec précision la structure tridimensionnelle des protéines à partir de leur séquence d'acides aminés ».
Liens externes
- « AlphaFold Protein Structure Database », sur alphafold.ebi.ac.uk (consulté le )
- « AlphaFold Notebook », sur colab.research.google.com (consulté le )
Références
- (en) Cet article est partiellement ou en totalité issu de l’article de Wikipédia en anglais intitulé « AlphaFold » (voir la liste des auteurs).
